Il promontorio di Monte Cofano (659 m.s.l.m.) è emerso nel periodo Triassico per il sollevamento di massicci calcarei marini; depositi fossili che hanno contribuito alla formazione della struttura geologica del rilievo alto fino a 659 metri s.l.m.m..
L’aspetto del monte è tipico di tali formazioni geologiche con guglie rocciose, ripidi ed alti muraglioni e fianchi che sbrecciandosi e accumulandosi alla base del monte danno vita ai cosiddetti ambienti di breccia.
La copertura vegetale originaria, costituita da macchie boschive a lecceto mista a quercia castagnara (Quercus virgiliana), a causa dell’ intervento umano (incendi e disboscamenti) è stata sostituita nei secoli da vegetazione spontanea costituita dalla “disa” (nome volgare locale dell’ampelodesma) e dalla “giummara” (Palma Nana), entrambe piante resistenti agli incendi.
Particolare appare l’ambiente rupestre che accoglie piante che più si adattano alle particolari condizioni morfologiche. Tra le più frequenti: lo sparviere del Cofano, l’erica siciliana, il cavolo trapanese, il cavolo di Bivona, il fiordaliso delle scogliere e i perpetuino di Monte Cofano.
La presenza di una piccola depressione carsica, che periodicamente si riempie d’acqua, alla base del versante sud orientale di Monte Cofano, all’ altezza di 247 m s.l.m.m., permette la vegetazione di specie botaniche quali il ranuncolo di Baudot e la lenticchia d’acqua.
Lungo le pareti scoscese del promontorio nidificano: il falco pellegrino e l’aquila del Bonelli, i rondoni comune, pallido e maggiore e i corvi imperiali.
E l’habitat ideale per specie arboricole quali: cince, fringillidi, il pigliamosche e piccoli mammiferi come l’arvicola di Salvi o il topo selvatico.
In aree aperte e più aride è possibile incontrare lungo il cammino testimonianza del passaggio dell’istrice o della donnola.
L’area della Riserva si trova sulla direttrice di volo di diverse specie di uccelli migratori: dell’anatra,del gabbiano e di due specie di falconiformi: il falco di palude e il pecchiaiolo.
Non rara la presenza di rapaci notturni, dall’assiolo alla civetta, dall’allocco al barbagianni,
vista l’abbondanza di piccoli mammiferi.
A chi visitasse la riserva verrebbe offerta l’opportunità di imbattersi nei primi insediamenti umani in Sicilia poiché a Monte Cofano esistono diverse grotte appartenenti alla stessa “cultura preistorica” di quelle presenti all’Addaura di Palermo e del Genovese nell’isola di Levanzo (Egadi).
Altrei reperti archeologici mostrano la frequentazione del monte da parte di gruppi fenici, greci e romani. Su un pianoro, sopra la tonnara, sono stati rinvenuti resti di insediamenti fortificati che costituiscono un sito di interesse archeologico non ancora sottoposto però a studi per la sua identificazione storica.